Question:
Outils recommandés pour les graphiques et les graphiques
SyCode
2019-06-04 12:22:38 UTC
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J'ai vu quelques images dans plusieurs articles comme ceux ci-dessous. Ces images sont vraiment expressives et agréables, c'est-à-dire très scientifiques. Je n'ai aucune idée de la façon de générer de telles images puisque j'ai par le passé utilisé powerpoint / excel. J'apprécierais quelques conseils sur les outils pour générer de telles images ou même de meilleures.

MISE À JOUR Juste pour clarifier les questions en double, cette question est assez spécifique aux graphiques comme ceux qui combinent plusieurs fonctionnalités de manière concise dans un graphique linéaire / à barres ou un nuage de points, etc. (comme indiqué dans les images ci-jointes). Quelques questions similaires, par exemple celui-ci concerne les illustrations, comme le montrent les réponses fournies. Je pense que ma question est différente, les réponses fournies sont donc différentes de celles de la question référencée.

example 01

example 02

Veuillez noter que (selon ISO, DIN, etc.) il n'est pas permis d'écrire l'unité entre crochets comme ça.
@Loong ok, merci de me le faire savoir, bien que ce ne soient pas mes images.Je tiendrai compte de vos conseils lors de la préparation du mien :).
@SyCode Je ne prendrais pas ce conseil trop au sérieux - ce n'est pas faux, mais le guide de style de tout ce que vous publiez est la chose la plus importante à la fin de la journée.Par exemple, le premier article que j'ai trouvé avec des chiffres similaires dans PRL (une revue de physique de premier plan) utilise ce format https://journals.aps.org/prl/abstract/10.1103/PhysRevLett.122.212501#fulltext
En remarque: les principales recommandations, telles que `R` et` Python`, utilisent des bibliothèques open source comme `gnuplot`,` Tcl / gTk` et autres.
Mathematica peut faire des choses spectaculaires, mais c'est compliqué et coûteux
Eh bien, n'essayez pas de générer un graphique qui ressemble au premier ...
La prétendue question en double ne concerne pas les graphiques et les tableaux, mais les illustrations en général.Ce sont des cas d'utilisation très différents, qui nécessitent des outils différents, comme le montrent les réponses dans les deux threads.
@henning Je suis tout à fait d'accord avec vous, j'espère que cela est également clair pour les autres. Les questions et les réponses sont complètement différentes.
SyCode, si vous voulez en savoir plus sur ce que dit @Loong, vous pouvez jeter un œil à [cette réponse] (https://academia.stackexchange.com/a/28918/20058) de la mienne.
@MassimoOrtolano J'aime votre réponse, elle est très complète, merci beaucoup de m'avoir pointé dessus.Je n'ai pas beaucoup examiné ces normes, mais je suis d'accord sur leur importance et sur la nécessité d'adhérer autant que possible aux conventions décrites.
Neuf réponses:
henning -- reinstate Monica
2019-06-04 12:45:08 UTC
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Le langage R a un certain nombre de bibliothèques pour produire des graphiques propres, par exemple ggplot2.

Le L'exemple ci-dessous a été réalisé avec l ' extension galluviale pour ggplot2, l'une des nombreuses extensions qui permettent l'animation, les graphiques interactifs, etc.

enter image description here

BTW, il existe plusieurs packages `R` qui étendent` ggplot2` pour permettre l'animation, les graphiques interactifs, etc.
Merci @Carl Witthoft, ajouté.
Emma
2019-06-04 12:34:21 UTC
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Il existe de nombreuses options ici, avec différents niveaux de convivialité. Certains que j'ai utilisés sont:

  • Grace: Assez simple à utiliser, vous entrez des valeurs via un fichier * .dat, et pouvez manipuler des graphiques via une interface graphique. Je pense que c'est uniquement Unix OS (Linux, MacOS). Spéculation: les chiffres de la question semblent avoir été créés dans Grace.
  • gnuplot: fonctionne sur Windows ainsi que Linux et Mac. Un peu plus de difficulté, car vous manipulez des figures via un script ou dans un terminal / invite de commande.
  • Matplotlib: fonctionne également sous Windows, Linux et (probablement) Mac. Nécessite une certaine connaissance de Python, car il s'agit d'un package Python. Génère également des figures via un script ou une console IPython. J'ai trouvé que c'était un peu plus facile que gnuplot. Très bonne documentation.
J'ai également essayé `gnuplot` avant, bien qu'il ait beaucoup de fonctionnalités, il nécessite des connaissances techniques comme vous l'avez mentionné.J'essaye `matplotlip`, bien que je connaisse très peu de python.«Grace» est complètement nouvelle pour moi.Savez-vous si `matplotlip` peut produire les graphiques ci-dessus?
Matplotlib peut certainement faire des [scatterplots] (https://matplotlib.org/gallery/lines_bars_and_markers/scatter_masked.html#sphx-glr-gallery-lines-bars-and-markers-scatter-masked-py) et [line plots] (https://matplotlib.org/gallery/lines_bars_and_markers/cohere.html#sphx-glr-gallery-lines-bars-and-markers-cohere-py).Matplotlib est un peu plus bien documenté que les deux autres, et plus largement utilisé (je pense), donc des sites comme StackOverflow accepteront des questions à ce sujet, et vous avez même une chance décente d'obtenir une réponse.
Pour moi, les exemples de la question ressemblent à ceux de Matplotlib.
La police et les symboles utilisés me ressemblent.Ça pourrait être faux.
Je vais essayer matplotlib, également utile pour améliorer mes compétences en python.J'aime aussi la possibilité d'obtenir des réponses aux questions de stackoverflow.com e.
zwol
2019-06-04 23:07:53 UTC
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Légèrement tangentiel: en ce qui concerne l'esthétique de la sortie, le principal avantage des outils plus techniques recommandés dans d'autres réponses, par rapport à Excel et aux programmes similaires, est qu'ils ont de meilleurs paramètres par défaut. Il est possible de créer de jolis graphiques avec Excel, LibreOffice, etc., si vous connaissez tout ce que vous devez modifier. Afin d'apprendre ce que sont ces choses, je recommande ces livres:

  • L'affichage visuel des informations quantitatives , E. Tufte (les suites sont également utiles, mais pas autant)
  • Visualisation des données: une introduction pratique , K. Healy
  • La grammaire des graphiques , L. Wilkinson
  • Préparer des illustrations scientifiques , M. Briscoe (merci @ henning).

La lecture de ces livres vous aidera également vous tirez le meilleur parti de quelque chose comme gnuplot ou ggplot2.

Bonne liste de livres, mais je ne suis pas d'accord pour dire que vous pouvez obtenir des graphiques décents avec Excel.Vous ne pouvez même pas générer de graphiques à barres espacées à entrées multiples.C'est vraiment un gâchis.
@henning Ajouté, merci.J'ai seulement entendu parler de celui-là, pas lu moi-même.
@CarlWitthoft En effet, Excel ne peut pas faire des choses compliquées, mais je suis presque sûr que je pourrais reproduire l'exemple de nuage de points et de graphique en courbes d'OP dans Excel si je devais vraiment le faire.
Je pourrais ajouter "Storytelling with Data" de Cole Neussbaumer-Knaflic.Il se concentre davantage sur les graphiques orientés métier, mais certaines des informations se transfèrent bien.
user2768
2019-06-04 12:28:40 UTC
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LaTeX propose de nombreux packages, par exemple pgfplots.

L'inconvénient de LaTeX est que vous ne pouvez pas vraiment faire de traitement de données en temps réel et de génération de graphiques en une seule fois.
@CarlWitthoft En fin de compte, votre article sera écrit en Latex, vous avez donc le problème d'interfacer ce qui produit vos données avec Latex de toute façon.Produire un tracé et l'exporter au Latex au format PDF n'est pas si différent de produire un tableau, de l'exporter au Latex au format .csv, puis de le tracer avec Pgfplots.
@Federico Poloni c'est là qu'intervient [Knitr / Sweave] (https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/200552056-Using-Sweave-and-knitr): "Sweave permet l'incorporation de code R dansDocuments LaTeX pour générer un fichier PDF qui comprend la narration et l'analyse, les graphiques, le code et les résultats des calculs ».
@FedericoPoloni et si vous ne voulez pas aller à fond, vous pouvez également synchroniser votre sortie R quelque part (par exemple Github) et faire en sorte que votre programme Latex le récupère à partir de là (par exemple lors de la compilation).Les possibilités de synchronisation sont infinies (et non limitées à R).En effet, cela vaut également pour beaucoup d'autres choses comme la citation (par exemple, la bibliothèque source dans le cloud, Latex se synchronise avec cela, etc.).
JeremyC
2019-06-05 03:03:35 UTC
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Bien que cela puisse être vrai car certaines réponses et commentaires indiquent que de bons graphiques peuvent être produits dans Excel, il y a un très gros inconvénient à utiliser Excel pour les graphiques scientifiques. L'inconvénient majeur est qu'il est très facile de faire des erreurs dans une feuille de calcul Excel et très difficile de voir qu'elles ont été faites. L'audit d'une feuille de calcul est extrêmement difficile - vous devez essentiellement essayer de reproduire les résultats par d'autres moyens. Il existe un moyen de contourner ce problème, mais il s'agit d'adhérer à des protocoles extrêmement stricts quant à la construction du tableur. Étant donné que la plupart des gens produisent des feuilles de calcul compliquées en commençant par des complications simples et en ajoutant des complications, le résultat sera généralement non auditable (autrement que par reproduction).

ggplot est gratuit et très facile à apprendre.

Josh Rumbut
2019-06-05 01:24:32 UTC
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Juste pour aborder votre exemple spécifiquement, l'exemple du haut montre quelques signes d'avoir été généré par MATLAB.

MATLAB a de la documentation sur la façon de créer un tel tracé ici.

Pour ajouter un peu plus d'exhaustivité, si vous connaissez JavaScript et que vous cherchez à faire une visualisation très unique, D3 est un bon choix qui a une API raisonnablement conviviale mais donne à l'utilisateur un contrôle très fin.

Matlab a également export_fig (utilise des peintres opengl pour obtenir une apparence supérieure) et matlab2tikz (écrit des figures matlab dans un fichier tex avec un script tikz) sur l'échange de fichiers.
Underminer
2019-06-05 02:16:39 UTC
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Excel peut être utilisé pour créer la plupart des graphiques. Cela peut être un peu un clic, mais pour les graphiques ponctuels, Excel est souvent le moyen le plus rapide de créer un graphique personnalisé si vous savez déjà comment l'utiliser. L'astuce consiste à ne pas accepter les valeurs par défaut d'Excel, donc cela ne ressemble pas à des fichiers Excel prêts à l'emploi qui peuvent être repérés à un kilomètre et demi.

Celui ci-dessous a été créé en 15 minutes environ. (y compris la création de données):

Excel

«Excel peut être utilisé pour créer la plupart des graphiques» est une affirmation assez forte qui n'est manifestement pas vraie.Bien qu'il puisse créer de nombreux types de graphiques standard, il est limité dans sa manière de consommer les données et de rendre les graphiques.Nous avons un certain nombre d'autres bibliothèques de traçage (D3, matplotlib, ggplot, altair, etc.), notamment pour la raison qu'Excel est limité dans les types de graphiques qu'il peut produire.
@ako Je dirais que la plupart des graphiques * sont * des types de graphiques standard.Les exemples de cette question sont des types de graphiques standard.J'essaie simplement de démontrer que les graphiques Excel peuvent être formatés pour avoir l'air «scientifiques», comme les graphiques en question.
Jonas Mortensen
2019-06-04 18:52:50 UTC
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Je suis un grand fan de GraphPad Prism car je ne suis pas aussi doué pour le python, le R ou les scripts en général (même si je travaille dessus). Prism est pour moi très intuitif et l'interface graphique a tous les boutons et les touches pour que je puisse analyser les données, puis les présenter dans un style très similaire aux exemples montrés dans le premier article.

«GraphPad Prism» est l'outil le plus intuitif et le plus fantaisiste que j'ai vu jusqu'à présent.C'est malheureusement assez cher, même la licence étudiante coûte 100 $!
Lesli Shambly
2019-06-19 18:45:41 UTC
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Il existe différents logiciels utilisés pour concevoir des graphiques créatifs. Les graphiques sont essentiellement une représentation visuelle des couleurs. Certains des logiciels sont les suivants:

  1. Illustrator
  2. Adobe Photoshop
  3. Adobe After Effects Voici quelques logiciels étonnants utilisés par les graphistes pour concevoir un Designs créatifs accrocheurs 2D et 3D.
Bien sûr, mais ils sont plus adaptés aux [* graphiques *] (https://academia.stackexchange.com/questions/1095/software-to-draw-illustrative-figures-in-papers?noredirect=1&lq=1) qu'à* graphiques *, n'est-ce pas?


Ce Q&R a été automatiquement traduit de la langue anglaise.Le contenu original est disponible sur stackexchange, que nous remercions pour la licence cc by-sa 4.0 sous laquelle il est distribué.
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