Question:
Suivi des références bibliographiques pour tout un groupe de recherche
aeismail
2012-03-23 20:28:04 UTC
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Cette question est liée à ma précédente sur tenir les conseillers informés de la littérature.

Étant donné le nombre relativement important d'articles qui existent, il est déconseillé de forcer chaque élève à partir de zéro pour construire une bibliothèque de référence. Pour moi, cela suggère qu'il devrait y avoir des moyens centralisés de garder une trace des références bibliographiques.

La solution peu coûteuse mais nécessitant beaucoup de maintenance pour moi serait d'avoir un référentiel SVN dans lequel les gens peuvent mettre à jour leurs propres fichiers de bibliographie personnels. Existe-t-il d'autres méthodes plus efficaces pour gérer ce processus lorsque:

  • les gens ont des plates-formes informatiques et des flux de travail différents (Windows avec Office, OS X avec iWork, Linux avec TeX, etc.)?
  • travailler avec des collaborateurs d'autres instituts?
  • est-il important (conformément à la réglementation de l'université / du lieu de travail) de ne pas stocker de données "dans le cloud"?
http://citeulike.org http://wiki.citeulike.org/index.php/Groups ou http://www.mendeley.com/ http://www.mendeley.com/groups/
Merci pour les liens. Je dois également mentionner que je suis intéressé par les solutions qui n'impliquent pas de stockage «dans le cloud», car mon institut est mal vu. J'ai révisé la question en conséquence.
Quelles données ne doivent pas être stockées dans le cloud? Votre fichier bibtex? Ou juste des PDF réels? Si votre institution désapprouve le partage de votre fichier bibtex, je suis déçu (voir http://scienceinthesands.blogspot.com/2011/11/up-until-googles-recent-catastrophic.html)
@DavidKetcheson: L'interdiction est définitivement _pas_ de partager des données, il s'agit de l'endroit où les données "vivent". L'idée est que nos données ne doivent pas être soumises à un contrôle d'utilisation externe et à des politiques de confidentialité. Mais nous sommes certainement libres de partager des fichiers BibTeX et d'autres données via des médias appartenant à l'université. (Et évidemment, les PDF se heurtent à un tout autre problème.)
Je ne comprends pas le problème, mais ... La politique de confidentialité de Mendeley dit: * Vos données et votre contenu vous appartiennent. Toutes les données personnelles et le contenu original que vous téléchargez sur votre compte Mendeley vous appartiennent. Nous ne revendiquons aucun droit de propriété sur vos recherches. Bien sûr, vous pouvez supprimer vos données à tout moment. * Cela fait-il plaisir à votre institution?
@David, me semble être une restriction raisonnable, si vous ne voulez pas que le monde puisse voir vos données, peu importe que vous possédiez les données ou non! Pouvez-vous restreindre la version de bureau de Mendeley pour ne pas télécharger la bibliographie sur Internet?
@AndyW, aeismail dit que laisser le monde le voir n'est pas le problème.
Qu'entendez-vous par «bibliothèque de référence», en termes de fichiers? Un fichier `bib`? Un tas de pdf?
Huit réponses:
#1
+18
David Ketcheson
2012-03-23 23:34:22 UTC
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J'accomplis cela en utilisant la fonctionnalité de groupes de Mendeley . Il fonctionne sur les trois principaux systèmes d'exploitation, vous permet de partager facilement des bibliographies avec votre groupe et des collaborateurs externes. Cela permet également quelque chose que je pense être très important - beaucoup de bibliographies sur des sujets particuliers dans le domaine de ce que fait mon groupe. Voir, par exemple

Je devrais mentionner que l'interface Web de Mendeley vers les bibliographies est horrible. Mais l'interface de bureau est assez agréable et (surtout) peut exporter Bibtex.

Mendeley stocke vos données dans le cloud (si vous considérez une bibliographie comme "vos données").

Mise à jour : j'ai arrêté d'utiliser Mendeley lorsqu'il a été acheté par Elsevier. Je n'ai pas trouvé de remplaçant satisfaisant.

#2
+8
user102
2012-03-24 04:24:50 UTC
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Si vous avez un serveur PHP fonctionnant quelque part, je recommanderais certainement Aigaion. À partir du site Web, ils disent:

Aigaion fournit un environnement de gestion de bibliographie qui prend en charge un utilisateur dans juste ceci: Organiser et gérer une bibliographie complète, des petites bibliographies personnelles aux bibliographies par exemple un service de recherche complet.

Je l'ai utilisé dans le passé sur un projet, et c'est vraiment utile de gérer une bibliographie pour un groupe entier: vous pouvez définir des collections, vous pouvez annoter chaque entrée, et vous pouvez exporter facilement la bibliographie au moins vers Bibtex et RIS (probablement plus, mais je ne me souviens pas exactement, car je n'utilisais que Bibtex). Vous pouvez à la fois gérer les références à lire par les étudiants et les publications générées par le groupe. De plus, c'est open source :)

#3
+7
eykanal
2012-03-24 00:57:20 UTC
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Si vous utilisez LaTeX, vous pouvez configurer un fichier .bib sur un lecteur partagé et tout le monde peut y faire référence et y ajouter si nécessaire en utilisant le programme de son choix. Personnellement, je suis fan de BibDesk.

#4
+4
Mike Lawrence
2012-03-23 21:44:20 UTC
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Si vous souhaitez synchroniser les références entre plusieurs utilisateurs mais que vous ne souhaitez pas héberger dans le cloud, vous devriez consulter Sparkleshare. Vous avez configuré un référentiel git sur un serveur local pour héberger un fichier bibtex, puis demandez à vos utilisateurs d'installer Sparkleshare sur leurs ordinateurs et de se connecter au référentiel git. Vous utiliseriez alors Mendeley, qui a une option de synchronisation bibtex. Cela permettra d'obtenir un système qui distribuera les nouvelles références ajoutées par n'importe quel utilisateur.

hm, je reprends ça; il semble que la synchronisation bibtex de Mendeley ne soit qu'à sens unique (mendeley-> bibtex), donc le système que j'ai décrit laisserait simplement tous les utilisateurs écrasant constamment le fichier partagé et ne prenant jamais en compte les modifications apportées par les autres.
#5
+4
gerrit
2012-11-09 22:39:32 UTC
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Nous maintenons notre propre liste sur le site Web de notre groupe. Les sources du site Web du groupe se trouvent dans un référentiel svn partagé (interne) auquel nous avons tous accès. Nous maintenons trois fichiers bibtex partagés:

  1. un pour les références internes - tout ce que nous avons jamais publié

  2. un pour les références externes - tout ce qui n'est pas interne qu'aucun de nous n'a jamais cité ou trouvé autrement utile

  3. pour de nouvelles références; nous les parcourons lors de nos réunions hebdomadaires, puis les fusionnons dans (2).

Il est implémenté sous la forme de quelques scripts PHP. Simple, mais fonctionne très bien.

Soigné! C'est le genre de routine de travail que je souhaiterais à mon groupe.
#6
+1
Andy W
2012-03-23 21:58:13 UTC
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Pour les projets à petite échelle, comme vous et quelques autres auteurs travaillant sur des papiers, je considérerais simplement un fichier texte brut (avec des champs standardisés) dans un emplacement auquel vous pouvez tous accéder (plus le contrôle de version). Bibtext serait une solution évidente (et la plupart des logiciels de référence que je connais peuvent importer des fichiers bibtext). Facile et minimaliste à mettre en œuvre et à mettre à jour. La réponse de Mike semble être une meilleure solution que celle-ci, mais cela dépend de l'utilisation de ce logiciel par tous les membres du groupe, ce qui ne vaut parfois pas la peine d'amener les gens à se convertir.

Pour les opérations à grande échelle (comme vous devez entrer plus de 1000 articles pour un laboratoire), j'envisagerais de rouler votre propre base de données + formulaires utilisateur pour entrer des données. Les champs que vous voulez dans les articles sont assez faciles à délimiter, donc la configuration de la base de données initiale n'est pas trop difficile. Voici quelques autres raisons pour lesquelles c'est bien:

  • Vous pouvez avoir la flexibilité de mettre ce que vous voulez dans la base de données. Par exemple, si vous menez une méta-analyse, vous souhaiterez peut-être étendre les formulaires pour inclure des statistiques pertinentes.
  • L'interrogation sur une variété de caractéristiques devient très simple.
  • Si vous êtes assez sûr de la base de données, vous pouvez écrire des scripts pour exporter les données dans le format de votre choix. Par exemple, j'utilise le logiciel statistique dans lequel je suis le plus compétent (donc pas une vraie base de données, mais plusieurs tables séparées) pour écrire ma bibliothèque bibtext, des citations en texte brut au format APA approximatif et du code VBA pour trouver et remplacer du latex comme les citations dans les documents Word.

Beaucoup de flexibilité avec votre propre base de données, et si vous faites un très gros projet, cela peut valoir la peine de développer et de personnaliser en fonction de vos propres besoins.

#7
+1
Jonas Stein
2013-03-11 01:02:47 UTC
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La solution est le serveur open source I, bibliothécaire . Il gère la bibliographie des groupes. Vous pouvez l'essayer en ligne ici: http://www.bioinformatics.org/librarian/ Recherchez "demo"

#8
  0
Suresh
2012-03-24 00:31:13 UTC
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Pourquoi ne pas utiliser simplement git vanilla? Tout le monde configure son dépôt privé et vous pouvez utiliser github pour la synchronisation partagée si nécessaire.



Ce Q&R a été automatiquement traduit de la langue anglaise.Le contenu original est disponible sur stackexchange, que nous remercions pour la licence cc by-sa 3.0 sous laquelle il est distribué.
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