Lorsque vous écrivez un article, votre tâche n'est pas de prouver quelque chose. C'est pour communiquer aux autres que vous l'avez prouvé. Si vous faites une erreur théorique dans votre article, c'est votre problème et vous devriez le corriger. Si vous écrivez un article qui ne communique pas assez bien vos résultats et induit en erreur vos lecteurs, c'est aussi votre erreur et c'est votre travail de la corriger.
Et oui, écrire est difficile. Nous aimons noter nos pensées de la manière qui nous semble la plus logique, puis nous nous attendons à ce que les autres comprennent. En réalité, un bon article adapte son écriture aux lecteurs. Les meilleurs auteurs conçoivent leur texte comme une piste pour le train de pensées du lecteur, connaissant les jonctions possibles de malentendus et en éloignant doucement le lecteur.
L'auteur moyen, et parfois même le meilleur auteur, ne peut pas écrire un texte parfait à partir de zéro. Les lecteurs vont mal comprendre les choses de temps en temps. Et un critique est un lecteur très minutieux. Si votre critique comprend mal quelque chose dans votre article, il est probable qu'un grand nombre de lecteurs ultérieurs (qui n'essaient pas de suivre votre texte d'aussi près) le comprendront de la même manière. Il s'agit d'un défaut majeur dans votre papier, et doit être corrigé. Heureusement, de telles corrections sont très faciles avec un peu de réflexion.
Dans votre cas, le problème est évidemment que l'hypothèse que vous avez faite n'était pas saillant au moment où le lecteur a atteint votre preuve. Vous devez changer cela. Par exemple, à l'endroit où vous énumérez vos hypothèses, ajoutez une phrase ou deux expliquant pourquoi l'hypothèse a été faite et quelles sont ses conséquences. Cela obligera le lecteur à réfléchir à l'hypothèse et à la remarquer, et à la garder à l'esprit pour le reste de l'article. S'il pense à son contre-exemple plus tard, il remarquera lui-même que ce n'est pas un contre-exemple, tant qu'il est évident que cela nuit à l'hypothèse. Si ce n'est pas évident, c'est une bonne idée de discuter (quelque part après la preuve) comment les exemples de ce type ne sont pas des contre-exemples, car il y a une torsion qui les fait nuire à votre hypothèse.
Une fois l'article corrigé de cette manière, vous pouvez décider de le soumettre à nouveau au même journal (faites remarquer à l'éditeur qu'il s'agissait d'un malentendu et que vous avez apporté des modifications au texte pour clarifier le point ) ou vers un autre lieu.