Il semble que vous deviez avoir une conversation avec votre conseiller. Il n'y a certainement rien de mal dans votre approche: vous lisez du code sur lequel vous avez des connaissances et quelque chose à dire; vous étiez alors proactif et vouliez résoudre le problème; tout cela est louable. Si vous vous êtes trompé, eh bien, cela se produit - mais c'est à cela que sert la révision des correctifs.

La position de votre conseiller - telle que vous la décrivez - ne fait donc rien sens pour moi ou probablement n'importe qui ici. Cela laisse deux interprétations:

• Votre conseiller a vraiment des idées délicates sur ce qui est approprié ou non sur GitHub.
• Vous ne comprenez pas ce que votre conseiller essayait de faire.

L'option 1 semble peu probable, donc l'option 2 me semble être une possibilité distincte. C'est aussi un problème qui peut être facilement résolu: discutez du problème dans lequel vous dites que vous ne savez pas pourquoi le comportement a été considéré comme incorrect et demandez à votre conseiller de vous aider à y réfléchir.

Mise à jour: Suite à l'ajout du post original sur la conversation avec le conseiller, il me semble que l'option 1 ci-dessus (que le conseiller est un crétin), aussi improbable a priori, est en fait vrai. C'est regrettable car au cours de mes quinze années en tant que professeur, je n'ai jamais rencontré de situation où ce genre de comportement d'un professeur aurait été approprié ou, en fait, utile ou justifié.

Mais, depuis que je développe des logiciels open source depuis plus de 25 ans maintenant et que je dirige des communautés open source depuis 20 ans, je pense qu'il vaut la peine de souligner que le comportement du mainteneur du référentiel GitHub est tout à fait raisonnable et approprié: nous apprécions tous les contributions de la communauté scientifique en général, et pour tous les projets que je connais (un nombre substantiel), y compris les cas où la personne qui propose un correctif peut en fait se tromper . Je continue donc de penser que vous avez fait la bonne chose, et je pense que la réponse du responsable du dépôt GitHub était raisonnable et courante. En d'autres termes, le comportement du conseiller académique n'a vraiment aucun sens pour moi. Si je recevais un e-mail du professeur de quelqu'un disant que son élève s'était comporté de manière inappropriée et suggérant que je le bloque de mes référentiels, je serais certain (i) de ne pas le faire, et (ii) d'être très clair sur le fait que je pensais l'étudiant a fait la bonne chose et que le conseiller a tort et se comporte d'une manière qui n'a aucun sens pour moi. Ce n'est certainement pas l'affaire des conseillers de restreindre ce que les étudiants publient sur Internet tant que c'est de bonne foi et ne calomnie pas le conseiller ou l'université.

Compte tenu de la position de ce conseiller, je suis un peu perte de quoi suggérer. Les personnes raisonnables sont disposées aux conversations, mais apparemment cette personne n'est pas raisonnable. Étant donné que vous avez une offre d'emploi d'ailleurs, le bon choix peut être simplement de décider que cela ne vaut pas votre énergie mentale pour combattre ce combat. Vous pouvez également parler au chef du département ou à un autre professeur de confiance du département - ce qu'ils feront est une question distincte, et il se peut que cela ne produise aucun résultat qui puisse encore vous aider avant votre diplôme.

Ces jours-ci, je me vois comme une personne inutile et misérable qui travaille juste plus de 12 heures par jour et les 12 autres heures que je suppose pour me reposer ou dormir encore Je pense à mes recherches mais je ne le suis pas heureux, je n'ai pas d'amis, je suis déprimé, je suis nerveux, je suis stressé, etc. Donc, oui, je suis en colère que les gens me détestent même si je leur dis la vérité.

Il semble que vous traversiez une période difficile. Les études supérieures sont stressantes même dans les meilleures circonstances, et les vôtres ne sont pas les meilleures en ce moment. Demandez l'aide d'un psychologue ou d'un professionnel similaire dès que possible. Votre santé mentale est votre première priorité!

En ce qui concerne le problème initial, mes deux centimes seraient de m'assurer qu'ils signifient ce que vous pensez qu'ils font, comme suggéré dans les autres réponses. Si telle est certainement leur position, vous devez trouver un nouveau conseiller . Cette personne pourrait vous intimider pour des absurdités pour une raison quelconque. Sortez.

Je ne vois aucun problème d'intégrité. Vos intentions semblaient être de corriger une erreur. À moins que votre intention ne soit de saboter vos concurrents, il n'y a rien de mal à cela.

Peut-être que votre mentor pense que vous auriez dû d'abord vous renseigner auprès des autres, mais agir imprudemment n'est pas de la malhonnêteté académique.

Êtes-vous sûr que votre conseiller a compris ce que vous avez fait? Le concept de GitHub, de PR, etc. peut lui être étranger et il aurait pu comprendre que vous aviez déclaré publiquement que sa formule était incorrecte, dans une chose non révisée par les pairs (je l'invente, juste pour montrer que les interprétations peuvent dégénérer rapidement ).

Lorsque vous vous calmez, discutez avec lui en lui expliquant clairement le contexte de votre mise à jour (moins le «quoi» et plus le «où» et le «comment»)

Il y a quelques points à considérer et à clarifier:

1. GitHub n'est pas une référence académique faisant autorité. On s'attend à ce que les articles de revues soient soigneusement révisés et exempts de la plupart des erreurs habituelles. Ils ont leur processus de correction des erreurs, qui est différent de GitHub, où une seule personne et pas nécessairement un comité décide de ce qui est le mieux pour le code. Peut-être que votre conseiller ne comprend pas cela. En fait, vous pouvez citer des publications qui décrivent du code GitHub, mais citer GitHub revient à citer Wikipédia.

2. Les équations «incorrectes» dans le code peuvent toujours donner des résultats corrects. Il est donc important de clarifier quel est exactement le changement suggéré et l'impact de l'équation concernée et de ses deux versions. MODIFIER : d'après les éclaircissements d'OP, il semble que la «mauvaise» formule était en fait une expression «approximative». Ne dites jamais qu'une équation "approximative" est fausse, dans de nombreux domaines, des formules et des modèles précis sont soit indisponibles soit vraiment difficiles à manipuler, les gens pourraient discuter beaucoup pour savoir si une approximation donnée est raisonnable ou non, mais prétendre simplement qu'elle est fausse est manque de maturité.

3. La science ne consiste pas à discuter de qui a raison ou tort sur la base d'opinions, il s'agit de prouver ce qui ne va pas et ce qui résiste à la falsification (de Popper). Essayez de concevoir des tests ou des expériences susceptibles d'affirmer ce qui est bien ou mal.

4. Ce n'est pas une violation de l'éthique académique de participer sur GitHub, à moins que votre pull request n'entraîne un problème de propriété intellectuelle. Dans certains environnements de recherche, vous êtes tenu de renoncer à tous les produits de votre travail à quiconque vous paie (et cela est parfaitement logique). Ainsi, un correctif de code peut être considéré comme une "propriété intellectuelle" à laquelle vous ne pourrez peut-être pas renoncer au public sans l'autorisation de quelqu'un.

5. De plus, ce n'est pas une violation de l'éthique académique de signaler quand les choses ne vont pas, je dirais même que c'est une obligation académique. Cependant, la façon dont vous faites cela pourrait être une violation des normes sociales. Je serais très en colère contre vous si vous affirmiez publiquement que mes recherches sont fausses sans même me parler d'abord, car cela relève de la courtoisie. Ce serait bien pire si vous aviez vraiment tort, car les gens qui sont désireux de signaler les erreurs des autres n'aiment souvent pas admettre leurs propres erreurs, et encore moins faire des réparations. Bien sûr, si je publie un dépôt sur GitHub, je m'attends à ce que les gens soulèvent des problèmes à ce sujet, et le font publiquement. Mais normalement, vous parlez d'abord en privé si vous pensez que quelqu'un a fait une erreur. Je pense que c'est ainsi que votre conseiller encadre ces événements. Vous pourriez aller le voir et lui dire "J'aurais peut-être dû parler avec vous d'abord". Mais préférez le faire après avoir terminé le point 3.

Il peut y avoir quelques situations dans lesquelles, d'après ce que vous décrivez, votre conseiller considère un problème d'intégrité académique. Cependant, il n'est pas clair à quoi se réfère la situation exacte de «votre référence». Celles-ci sont assez spéculatives jusqu'à ce que votre question soit plus précise.

1) Vous faites référence à un travail qui n'a pas encore été publié ou examiné par votre conseiller et que vous le publiez publiquement.

2) Votre conseiller ne pense pas que vous soyez clair sur la question de github que la référence est à votre propre travail et non à la littérature originale, et il leur semble contraire à l'éthique que vous prétendez que c'est votre algorithme lorsque il provenait à l'origine de votre revue de littérature

3) Après avoir lu et trouvé le problème, votre conseiller a remarqué que le code d'origine est correct et que votre implémentation est incorrecte. Si vous aviez publié ceci auparavant, votre conseiller pourrait faire un saut à la conclusion que vous étiez contraire à l'éthique dans la façon dont vous leur avez expliqué vos résultats ou votre article, ce qu'ils n'ont pas réalisé avant d'avoir vu une mise en œuvre correcte.

Les résultats du travail d'équipe ne sont pas uniquement les vôtres, et vous devez être attentif à la façon dont vous les partagez.

Comme Mefitico l'a mentionné dans sa réponse, vous n'avez peut-être pas le droit d'utiliser le code que vous avez proposé ce projet. Il est important de noter que «open source» ou «sur GitHub» ne signifie pas «faire n'importe quoi» ( bien qu'il existe une licence pour cela aussi). Par exemple, la licence MIT populaire comprend la disposition:

L'autorisation est par la présente accordée, gratuitement, à toute personne obtenant une copie de ce logiciel… pour traiter le logiciel sans restriction, y compris sans limitation d'utilisation, de copie, de modification, de fusion, de publication, de distribution, de sous-licence et / ou de vente de copies du logiciel…

- La licence MIT (via Open Source Initiative)

Si vous étiez le seul détenteur des droits d'auteur, ce serait très bien - vous pourriez offrir une telle licence à votre code, et le projet pourrait inclure votre code dans leur code. Mais il est fort probable que vous ne soyez pas le seul détenteur des droits d'auteur:

• S'il s'agit d'une recherche de groupe, vous pouvez partager les droits d'auteur avec votre conseiller.
• Si vous êtes un chercheur rémunéré (par exemple, soutenu par une subvention ou un assistanat de recherche), il y a probablement une clause dans votre contrat qui accorde une licence à l'université ou à l'institution, qui peut être en conflit avec la licence que vous accorderiez à ce projet.
• Votre contrat peut même accorder le droit d'auteur exclusif de tous les résultats de votre recherche à votre université ou à l'institution qui finance votre subvention.
• Si vous souhaitez publier vos résultats, vous devrez peut-être transférer les droits d'auteur de votre publication matériel à la revue.

Donc, comme vous pouvez le voir, les résultats de votre recherche ne sont vraiment pas à vous de partager librement (même si cela semble être l'objectif de la recherche). C'est un problème très courant pour les personnes qui écrivent des logiciels de manière professionnelle. Il est important de discuter avec votre conseiller de ce que vous pouvez et ne pouvez pas faire avec les résultats.

Cela dit, ce ne sera probablement pas un gros problème. Personne ne se souciera probablement du fait qu'un projet open source de niche ait quelques lignes de code basées sur cette recherche. Mais la route de l'enfer est pavée de bonnes intentions, et il est facile d'avoir des ennuis si vous ne faites pas attention à vos licences.

Non, publier un problème sur GitHub ne constitue pas une violation de l'intégrité académique

D'après les faits que vous avez exposés, rien ne ressemble à distance à une violation d'intégrité académique. Vous dites que vous avez fourni une référence à la formule «correcte». Je comprends que vous voulez dire que l'approximation et les méthodes exactes sont publiées et largement connues. Fournir une référence à des travaux publiés n'est jamais contraire à l'éthique. (Il est volontairement déformé, mais rien n'indique que vous le faites, et cela ne semble pas être ce qui motive l'accusation de votre doctorant.)

À titre de suggestion, vous devriez faciliter l'appel l'ancienne implémentation la «mauvaise» formule, puisque vous clarifiez plus tard qu'il s'agit d'une approximation couramment utilisée qui donne des réponses à 5-10% de la formule exacte. (D'après vos détails supplémentaires, rien n'indique que c'est ce qui motive non plus l'accusation de votre conseiller en doctorat.)

Autres considérations

À propos de GitHub et Academia

De nombreux universitaires contribuent à des projets sur GitHub. Si vous travaillez dans un domaine STEM, il est presque impossible de croire que votre conseiller ne serait pas familier avec GitHub (au moins sait qu'il existe, comment il fonctionne et que ses collègues l'utilisent), ou ne comprendrait pas ce code de publication les améliorations, créées par vous et basées correctement sur des sources citées, ne constituent pas une violation de l'intégrité académique. Cette accusation est complètement déséquilibrée. Si votre conseiller n'est pas familier avec GitHub, il a l'obligation morale de s'informer avant de porter l'accusation très grave de violation de l'intégrité académique.

Un projet important dans mon domaine (je ne suis pas un contributeur) est PySAL. Si quelqu'un découvrait qu'une formule ou un algorithme particulier dans cette bibliothèque générait un résultat incorrect, approximatif (où une solution exacte était disponible), ou simplement lent et pourrait être amélioré, cette contribution serait bien accueillie par les responsables (comme c'était par le mainteneur du dépôt auquel vous avez contribué). Un exemple qui pourrait être parallèle au vôtre est Améliorations des fonctions de distance?, qui présente différentes méthodes de mesure de la distance terrestre. Que le conseiller en doctorat de cette personne apprécie cette contribution - beaucoup le feraient, certains ne le feraient pas, en particulier si cela ne relevait pas de leur domaine et / ou s'ils pensaient que cela interférait avec les responsabilités de l'AR ou votre propre progression vers l'achèvement - il n'y a pas de monde ils considéreraient un PR GitHub avec une source correctement citée comme une violation de l'intégrité académique.

Ma propre expérience: je fais des recherches de redécoupage depuis quelques années, et j'ai créé ou contribué à un certain nombre de repos dans ce domaine. Je poste souvent du code lié à d’autres sujets d’intérêt, et je poste et utilise du matériel pédagogique publié par d’autres personnes dans mon domaine d’enseignement, les systèmes d’information géographique.

À propos de vous protéger

Un certain nombre de réponses semblent tenter d'examiner les façons dont votre conseiller aurait pu mal comprendre, ou les façons dont vous pourriez avoir franchi une ligne. Vous avez apporté un certain nombre de clarifications. Cependant, les faits tels que vous les avez présentés semblent si clairs, et son accusation si infondée, que vous devez vous demander comment vous protéger et comment (ou si) terminer votre doctorat avec votre conseiller actuel.

Malheureusement, de nombreux universitaires se comportent de manière très merdique. Je ne suis pas certain que nous soyons pires que d'autres secteurs - la finance, le droit, Hollywood et bien d'autres ont beaucoup à répondre - mais il est beaucoup trop courant pour les étudiants diplômés de devoir supporter des conseillers de doctorat abusifs, qui sont souvent aussi des superviseurs de travail (si vous êtes un assistant de recherche), et qui peuvent saboter complètement votre doctorat s'ils le souhaitent. De plus, comme l'accent est souvent mis sur l'éducation plutôt que sur l'emploi, les étudiants diplômés ne reçoivent généralement pas de formation sur le harcèlement au travail et la façon de le signaler.

Vous dites que vous êtes déprimé, surchargé de travail, n'avez pas d'amis et souhaitez quitter le monde universitaire après avoir terminé votre doctorat. Vous devez envisager vos options et utiliser les ressources disponibles.

Choses à faire immédiatement

• Demandez de l'aide aux services de conseil sur le campus.
• Si vous êtes membre d'un syndicat, par exemple syndicat des étudiants diplômés, ou si vous êtes une AR ou une AT et êtes membre d'une unité de négociation, signalez votre interaction maintenant et demandez-leur si vous devriez vous inquiéter et quelles sont vos options.
• Si vous êtes un AR ou un AT, vous devez signaler votre interaction aux RH, peut-être à un bureau qui s'occupe du harcèlement au travail. Si vous ne faites pas partie d'un syndicat, le rapport aux RH sera une première étape. Si vous faites partie d'un syndicat, je parlerais d'abord au syndicat et verrais comment il recommande de procéder.
• Parlez à votre directeur de département. Vous ne pourrez peut-être pas leur faire faire quoi que ce soit, mais cela devrait au moins vous donner une idée de ce à quoi vous êtes confronté. Présentez les faits de manière aussi neutre que possible et demandez-lui si vous devez faire quelque chose. Si le président ne sait pas ce qu'est GitHub et / ou ne semble pas intéressé par votre préoccupation, et se termine par "Vous devriez en parler à votre conseiller", il n'y a probablement pas grand-chose à faire avec eux. Si le président semble inquiet (et sait ce qu'est GitHub), il peut proposer de parler directement au conseiller ou chercher à animer une discussion.
• Ne parlez pas à votre conseiller de projets extérieurs, en vous rendant au gym, aller à un rendez-vous, voir un conseiller, ou tout ce qui touche à tout ce qui n'est pas lié à votre recherche de thèse et à vos responsabilités professionnelles (le cas échéant).

Choses à envisager pour travailler

• Pouvez-vous changer de conseiller? C'est souvent difficile, mais de nombreux étudiants diplômés le font. Parfois, les étudiants diplômés supportent de mauvais conseillers en raison de leur réputation dans le domaine, mais vous dites que votre domaine était nouveau pour votre conseiller lorsque vous avez commencé votre doctorat. Y a-t-il quelqu'un d'autre dans votre ministère qui travaille dans ce domaine, ou dans un domaine connexe, qui serait prêt à intervenir? Y a-t-il quelqu'un d'autre dans votre comité qui pourrait prendre la relève en tant que conseiller? Il peut même être possible de changer de programme, car les disciplines sont souvent représentées dans plusieurs départements.
• Pouvez-vous postuler à un nouveau programme de doctorat? C'est nul, mais s'il n'y a vraiment personne d'autre dans votre université qui serait un conseiller approprié, cela vaut la peine d'être exploré. Connaissez-vous des professeurs d'autres institutions grâce à des conférences? Il pourrait être utile de contacter une ou deux personnes que vous avez rencontrées pour discuter des options. Vous n'avez pas à dire pourquoi vous envisagez de quitter votre université dans un premier temps , mais si vous décidez de poursuivre cette option, elle reviendra sans doute plus tard.

En fin de compte, vous n'aurez peut-être pas d'autre choix que d'essayer de le mener à bien avec ce conseiller. Dans ce cas, minimisez vos interactions avec lui, utilisez les ressources de santé mentale et commencez à examiner les questions Academia.SE relatives aux mauvais conseillers:

• La négativité du conseiller
• Que faire lorsque le conseiller en doctorat veut que je travaille sur des projets parallèles mais que je commence un post-doc?
• Aide! Le professeur / conseiller refuse de publier les recherches de ses étudiants

Je suis désolé pour ce qui vous est arrivé, même si je ne sais pas si une mauvaise formule est en fait erronée ou non.

Un tag pays / culturel pourrait être intéressé là-bas, car je pense que votre dernière edit présente une réaction très grossière de la part de votre superviseur.

Je recommanderais quelque chose qui est souvent dit dans le monde de l'entreprise, mais qui est en fait un fait et devrait être pensé partout: Écrivez un e-mail avec des commentaires sur votre Vous pouvez le faire maintenant avec ce que vous avez décrit dans votre modification lors de la deuxième réunion:

• D'abord, expliquez les faits. N'utilisez pas ce que vous avez dit dans cet article, car il pourrait être mal interprété. Donnez un lien plutôt qu'une explication. Et soyez surpolite: par exemple: "J'ai eu un commentaire [lien vers le commentaire] sur le GitHub [GitHub]. Merci pour la réunion d'aujourd'hui sur ce problème".
• Deuxièmement, dites votre cas: vous souhaitez améliorer le référentiel GitHub. Vous souhaitez utiliser une bonne formule (pas correcte ou erronée, mais la meilleure solution) pour votre PHD
• Troisièmement, posez des questions: vous devez forcer votre administrateur à s’expliquer par e-mail: «Dois-je supprimer mon commentaire? " "Dois-je vous demander avant de publier à l'avenir?"
• Quatrièmement, retracez ce qu'il a dit: Votre superviseur va vous brûler devant l'administrateur GitHub: Tracez-le en donnant le contact ( pseudo, mail) de l'administrateur dans le mail avec quelque chose du genre: "Vous avez dit pendant la réunion que vous vouliez parler avec l'administrateur: voici le contact"

Outre ce conseil, J'ai un autre sujet à soulever. Je ne suis pas familier avec GitHub, mais je pense d'après votre texte que votre superviseur n'est pas familier avec Web et GitHub? Peut-être pense-t-il que GitHub est quelque chose comme un document de recherche? Alors ça expliquerait son comportement.

Mais si vous pensez avoir passé cette étape avec votre superviseur, et qu'il est de mauvaise foi, vous pourriez trouver un prétexte pour mettre en copie un autre de l'Academia, peut-être un supérieur à vous deux.

De toute façon, ne soyez pas trop offensant pour l'instant. Gardez votre calme, restez poli, posez des questions, écrivez autant que possible.

Disons les choses de cette façon. Vous êtes un très bon employé dévoué et votre conseiller est un chef de projet. En raison du manque de communication au début, votre PM ne vous a pas expliqué le contrat ou ne s'est pas assuré que vous le compreniez pleinement. Tout travail en cours sur lequel vous avez travaillé est soumis à votre institution sous la direction de votre Manager. Il était en colère ce qui n'était pas très professionnel, vous avez accidentellement partagé votre idée issue de votre recherche à un projet open source était également erronée. Donc personne n'est ici. Votre PM ne pouvait plus utiliser votre formule correcte car elle a été fusionnée avec cette open source, il a donc décidé d'utiliser une autre formule. Ne soyez pas en colère contre la complexité des termes créés par le monde universitaire. Vous pouvez choisir de terminer votre projet dans votre institution actuelle sous la direction d'un autre PM / conseiller ou toujours du même conseiller, ce qui dépend de vous si le doctorat est important dans votre plan de carrière. Sinon, vous pouvez passer au domaine industriel et trouver un poste approprié pour poursuivre ce que vous aimez / aimez faire. Ne réfléchissez pas trop depuis que j'y suis. Bonne chance à vous !!!